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Infos citoyennes

28/08/20
Un Guyanais sur six aurait déjà été infecté par le Covid-19

Avec Epi-Covid, l’Institut Pasteur de Cayenne a deux objectifs : étudier la transmission du virus au sein des foyers comptant un cas confirmé d’infection au Sars-Cov-2 pour comparer les résultats avec ceux de pays au climat et aux conditions socio-culturelles différentes ; et estimer, à partir d’un échantillon représentatif de la population générale guyanaise, la proportion des personnes ayant déjà été touchées par le virus. Le Dr Claude Flamand, épidémiologiste à l’Institut Pasteur, livre de premiers résultats.

L’étude est-elle terminée ?

Non. Il n’y aura pas de nouvelles inclusions, mais les ménages seront suivis pendant un an à partir de la date d’inclusion. Il y a deux grands objectifs à cette étude : étudier la transmission dans les ménages, ce qu’on appelle le taux de transmission secondaire. Cela permet de voir la proportion de personnes qui ont été infectées suite à un contact avec un cas. Cela se fait sur vingt-huit jours, soit deux fois la période d’incubation maximale. Le deuxième objectif est de suivre la réponse sérologique chez les cas positifs : voir comment les anticorps se développent, combien de temps ils se maintiennent… Après les vingt-huit jours, on a identifié toutes les personnes qui ont été positives. A partir de là, on continue uniquement avec les cas positifs pendant 360 jours. Nous entamons la partie sur le suivi des ménages déjà inclus.

Et pour l’enquête populationnelle ?

L’idée est de faire des évaluations répétitives. La première correspondait à la transmission au moment du pic épidémique. Nous l’avons effectué mi-juillet, puisqu’on estime qu’il faut environ deux semaines pour avoir les anticorps. Cela correspond donc à la situation de début juillet. On devrait faire une deuxième évaluation, probablement durant la deuxième quinzaine de septembre. Si nous sommes à la fin de l’épidémie, cela permettra de connaître l’impact final de l’épidémie. Si cela continue dans le temps, on pourra être amené à effectuer une troisième évaluation deux ou trois mois après.

Dans vos premiers résultats, vous estimez que, début juillet, 15 % des Guyanais avaient été infectés… Une personne sur six, cela semble énorme…

C’est beaucoup plus que ce qu’on observe dans des pays ayant effectué des enquêtes de séroprévalence. Ce sont en général des pays développés – Etats-Unis, Europe, Asie. Elles ont été généralement effectuées en fin de vague épidémique et sont plutôt en faveur d’une proportion comprise entre 5 et 7 % de la population, 10 % rarement. Cela restait faible. Ici, nous sommes à 15 % au moment du pic épidémique avec des communes comme Cayenne où on a 25 % de personnes infectées, soit une personne sur quatre. Cela laisse présager des niveaux qui pourraient être supérieurs à 30% en fin de vague épidémique.

Comment l’interprétez-vous ?

La principale différence (avec les autres pays), c’est que la population est jeune. Dans un pays où la population est très jeune, il y a peut-être un impact sur la transmission. C’est un facteur parmi nos hypothèses d’explication. Les autres peuvent être liés au comportement, à la structure socio-économique de la population. Dans l’enquête des ménages, on voit que le taux de transmission est très élevé dans les milieux socio-économiques les plus défavorisés. Il y a de la promiscuité dans les logements. La compréhension des gestes barrières est moins facile.

En lançant votre étude, vous envisagiez davantage un impact du climat…

Comme les pays chauds n’étaient pas encore touchés par la pandémie, plusieurs auteurs ont suggéré que le climat et les fortes températures étaient limitant pour la transmission. On se rend compte que ce n’est pas du tout suffisant pour éviter une épidémie de forte ampleur. Au contraire, ici, la transmission est plus importante.

Est-ce qu’un climat chaud peut être un facteur facilitant la transmission ?

Pour l’instant, on n’a pas de raison de le penser. Le virus résiste moins bien dans l’environnement quand les températures sont élevées, même s’il faut des températures très élevées pour qu’il soit dégradé. Quand il fait chaud, la population est davantage en extérieur, dans des endroits aérés et cela ralentit potentiellement la transmission. Les épidémies saisonnières en Europe sont d'ailleurs sans doute plus favorisées par le fait que les gens sont confinés quand il fait froid que par les températures elles-mêmes. En tout cas, on se rend compte avec certitude que la transmission a été très forte en Guyane. En revanche, les passages en réanimation et les décès sont moindres

Pourquoi ?

Probablement du fait de la structure d’âge et de la population bien plus jeune qu'ailleurs. Quand on est jeune on n’a moins de chance de faire une forme sévère. Il y a certainement d’autres études à mener et d'autres facteurs à explorer pour essayer de comprendre pourquoi dans un pays comme le nôtre on a un taux de transmission aussi élevé et un taux de létalité aussi faible.

A Cayenne, si une personne sur quatre a été infectée, cela représente plus de 14 000 personnes, soit beaucoup plus que les chiffres des cas biologiquement confirmés. Comment l’expliquez-vous ?

Même avec une stratégie de dépistage ambitieuse et un effort de dépistage très important au niveau local, on sait bien qu’une bonne partie de la population n’est pas dépistée. Il y a des formes asymptomatiques, des formes très peu symptomatiques et des personnes qui ne se font pas dépister. Dans l’enquête des ménages, la proportion des asymptomatiques est estimée à 15-20 %. Il n’est donc pas étonnant que des personnes ne se font pas dépister. Dans les ménages, qui ont un suivi clinique quotidien, qui sont sensibilisés au fait de repérer les symptômes, on voit que des personnes développent des anticorps quelques jours après le contact avec le cas initial mais n’ont jamais eu de symptômes apparents. L’enquête des ménages est très bien pour évaluer cette proportion-là. Sur les opérations de dépistage, certains se font tester pendant la période pré-symptomatique et vont développer des symptômes quelques jours après. Là, on est vraiment sûr du nombre de personnes restées asymptomatiques, soit 15 à 20 %.

De nombreuses personnes n’ont pas été repérées par les systèmes de surveillance car asymptomatiques ou pauci-symptomatiques…

Il est aussi possible que des personnes malades ne soient pas allées se faire dépister. On a d'ailleurs eu le sentiment qu'à certains moments, les pratiques ont évolué et que les gens se faisaient globalement moins dépister qu'à d'autres moments. Il serait intéressant de mener des études sociologiques sur le sujet pour tenter de comprendre les changements dans les comportements des populations. Aujourd’hui, dans un laboratoire comme l'Institut Pasteur, la majorité des personnes qui viennent se faire dépister sont des personnes qui voyagent. Il y a certes moins de contaminations, mais il y peut-être aussi un changement de comportement relatif au dépistage.

Avec 500 personnes dans le volet populationnelle de l’étude, vos chiffres sont-ils robustes ?

A la deuxième étude de septembre, on va essayer d’inclure davantage de monde. Avec 500 personnes, on a une bonne estimation à l’échelle de la Guyane. Mais si on veut descendre à l’échelle communale, c'est difficile dans les communes où il a été difficile d'inclure beaucoup de participants. Faire une recherche comme celle-ci pendant l’épidémie est très contraignant. Très peu de pays l’ont fait. Il faut le faire sur une courte durée car les choses évoluent très vite. On a choisi de le faire deux semaines après le pic épidémique, en une semaine. Si on avait traîné dans le temps, nous aurions pu inclure des personnes infectées après le pic. En fin d’épidémie, il sera plus facile d'étendre la période d’inclusion pour augmenter nos effectifs.

Quels sont les résultats dans les autres grandes communes, où vos résultats sont robustes d’un point de vue statistique ?

Cayenne 25,5 % ; Matoury 11,5 % ;  Kourou 19,8 %, Grand-Santi 20,0%, Saint-Georges 16,1%. On a eu quelques difficultés pour inclure des individus à Saint-Laurent du Maroni mais on estime qu'entre 10% et 15% de la population du Maroni était déjà touchée au moment du pic épidémique. Rémire-Montjoly est très peu touchée par rapport au reste de la Guyane, avec une séroprévalence de 4 %.

Est-ce le signe d’un impact du milieu socio-culturel sur l’épidémie ?

Je pense que oui. Dans l’enquête des ménages, nous constatons un vrai gradient socio-économique sur l’importance de la transmission dans un foyer. Dans l'enquête de séroprévalence, les communes dans lesquelles les conditions de précarité sont fréquentes semblent plus touchées. C'est également cohérent avec les quartiers qui ont été fortement touchés depuis le début de l'épidémie.

Y a-t-il un biais de sélection dans le recrutement des foyers que vous étudiez ?

L’étude a été menée via les laboratoires et les centres de santé. Ce type d’études à l’avantage d’être très rapide mais présente certains biais car les populations qui n'ont pas accès aux soins sont très faiblement représentées. La façon la plus robuste de faire, c’est de tirer au sort des maisons et d’aller chez les gens. On l’a fait en 2017 pour les arboviroses, mais il nous a fallu quatre mois pour avoir 2 500 personnes. Là, l’idée était d’aller vite. Nous nous sommes donc basés sur les laboratoires et les centres de santé qui reçoivent la population. Pendant une semaine donnée, nous avons sollicité toutes les personnes qui s'y présentaient. Il est donc possible que nous ayons une population qui a accès à l’offre de soins assez facilement. Il n'est donc pas impossible qu'on sous-estime un peu la séroprévalence réelle. On a eu également plus de femmes et moins d'enfants que dans la population, ce qui est assez classique dans les études épidémiologiques mais on peut prendre en compte ce genre de biais.  En septembre, on va tenter d'inclure plus de participants, ce qui réduira les biais de sélection.  Ce qui est intéressant, c’est que les enfants semblent très touchés. Nous en avons une cinquantaine dans l’échantillon avec une séroprévalence de quasiment 20 %. C’est beaucoup plus que ce qu’on pensait et que ce qu’ont montré d’autres études.

En moyenne, 35 % du foyer est infecté par le premier cas confirmé du ménage. Comment cela évolue-t-il en fonction du milieu socio-économique ?

Cela va jusqu’à 100 % dans certains ménages de 10, 12 personnes. C’est ce qui fait aussi que le pourcentage moyen est élevé en Guyane. A Paris, les ménages de 12 personnes sont beaucoup moins fréquents. Dans certains quartiers, on a des ménages de 10, 12 personnes où tout le monde est positif. Même quand on essaie d'appliquer les mesures barrières, quand cinq ou six personnes dorment dans la même pièce, c’est compliqué de limiter la propagation.


With Epi-Covid, the Pasteur Institute of Cayenne has two objectives: to study the transmission of the virus within households with a confirmed case of Sars-Cov-2 infection to compare the results with those of countries with climate and conditions different socio-cultural; and estimate, from a representative sample of the general Guianese population, the proportion of people who have already been affected by the virus. Dr Claude Flamand, epidemiologist at the Pasteur Institut, has delivered initial results.

Is the study complete?

No. There will be no new inclusions, but families will be followed for one year from the date of inclusion. There are two main objectives of this study: to study transmission in households, which is called the secondary transmission rate. This allows you to see the proportion of people who have been infected following contact with a case. This is done over twenty-eight days, twice the maximum incubation period. The second objective is to follow the serological response in positive cases: to see how the antibodies develop, how long they are maintained… After the twenty-eight days, we have identified all the people who have tested positive. From there, we continue only with positive cases for 360 days. We begin the part on monitoring households already included.

What about the population survey?

The idea is to do repetitive assessments. The first corresponded to transmission at the time of the epidemic peak. We did it in mid-July, as it is estimated that it takes about two weeks to get the antibodies. This therefore corresponds to the situation at the beginning of July. We should do a second evaluation, probably during the second half of September. If we are at the end of the epidemic, this will reveal the final impact of the epidemic. If this continues over time, a third assessment may be required two or three months later.

In your first results, you estimate that, at the beginning of July, 15% of Guyanese had been infected… One in six people, that seems enormous…

This is much more than what is observed in countries which have carried out seroprevalence surveys. These are generally developed countries - United States, Europe, Asia. They were generally carried out at the end of the epidemic wave and are more in favor of a proportion of between 5 and 7% of the population, 10% rarely. It was still weak. Here, we are at 15% at the time of the epidemic peak with municipalities like Cayenne where we have 25% of infected people, or one in four people. This suggests levels that could be greater than 30% at the end of the epidemic wave.

How do you interpret it?

The main difference (with other countries) is that the population is young. In a country where the population is very young, there may be an impact on transmission. This is a factor among our explanatory hypotheses. The others can be linked to behavior, to the socio-economic structure of the population. In the household survey, we see that the transmission rate is very high in the most disadvantaged socio-economic backgrounds. There is overcrowding in the accommodation. Understanding barrier gestures is less easy.

By launching your study, you were considering more of an impact of the climate ...

As hot countries were not yet affected by the pandemic, several authors have suggested that the climate and high temperatures were limiting for transmission. We realize that this is not at all sufficient to prevent a large-scale epidemic. On the contrary, here the transmission is more important.

Can a hot climate be a factor facilitating transmission?

At the moment, there is no reason to think so. The virus is less resistant in the environment at high temperatures, although it takes very high temperatures for it to be broken down. When the weather is hot, the population is more outdoors, in ventilated areas and this potentially slows down transmission. Seasonal epidemics in Europe are arguably more favored by the fact that people are confined when it is cold than by the temperatures themselves. In any case, we realize with certainty that the transmission was very strong in French Guiana. On the other hand, the passages in intensive care and the deaths are less

Why ?

Probably due to the age structure and the much younger population than elsewhere. When you are young you are less likely to get severe form. There are certainly more studies to be done and other factors to be explored to try to understand why in a country like ours we have such a high transmission rate and such a low case fatality rate.

In Cayenne, if one in four people has been infected, that represents more than 14,000 people, much more than the figures for biologically confirmed cases. How do you explain it?

Even with an ambitious screening strategy and a very significant screening effort at the local level, we know that a large part of the population is not screened. There are asymptomatic forms, very little symptomatic forms and people who do not get tested. In the household survey, the proportion of asymptomatic is estimated at 15-20%. It’s no wonder then that people are not getting tested. In households, which have daily clinical follow-up, who are sensitized to spotting symptoms, people are seen to develop antibodies a few days after contact with the initial case but have never had any noticeable symptoms. The household survey is very good at estimating this proportion. On screening operations, some are tested during the pre-symptomatic period and will develop symptoms a few days later. There, we are really sure of the number of people who remained asymptomatic, or 15 to 20%.

Many people were not detected by the surveillance systems because they were asymptomatic or pauci-symptomatic ...

It is also possible that sick people did not go to be tested. We also had the feeling that at certain times, practices evolved and that people were generally less screened than at other times. It would be interesting to conduct sociological studies on the subject to try to understand the changes in the behavior of populations. Today, in a laboratory like the Institut Pasteur, the majority of people who come for testing are people who travel. There is certainly less contamination, but there may also be a change in behavior relating to screening.

With 500 people in the population component of the study, are your figures robust?

In the second study in September, we will try to include more people. With 500 people, we have a good estimate for French Guiana. But if we want to go down to the municipal level, it is difficult in the municipalities where it has been difficult to include a lot of participants. Doing research like this during the epidemic is very demanding. Very few countries have done so. You have to do it over a short period of time because things change very quickly. We chose to do it two weeks after the epidemic peak, in one week. If we had delayed in time, we could have included people infected after the peak. At the end of the epidemic, it will be easier to extend the inclusion period to increase our numbers.

What are the results in the other large municipalities, where your results are statistically robust?

Cayenne 25.5%; Matoury 11.5%; Kourou 19.8%, Grand-Santi 20.0%, Saint-Georges 16.1%. We had some difficulties in including individuals in Saint-Laurent du Maroni but it is estimated that between 10% and 15% of the population of Maroni was already affected at the time of the epidemic peak. Rémire-Montjoly is very little affected compared to the rest of French Guiana, with a seroprevalence of 4%.

Is this a sign of an impact of the socio-cultural background on the epidemic?

I think so. In the family survey, we see a real socio-economic gradient in the importance of transmission in a household. In the seroprevalence survey, the municipalities in which precarious conditions are frequent seem to be more affected. It is also consistent with the neighborhoods that have been heavily affected since the start of the epidemic.

Is there a selection bias in recruiting the households you are studying?

The study was carried out through laboratories and health centers. This type of study has the advantage of being very rapid but presents certain biases because the populations that do not have access to care are very poorly represented. The most robust way to do it is to raffle houses and go to people. We did it in 2017 for arboviruses, but it took us four months to get 2,500 people. There, the idea was to go fast. We therefore based ourselves on laboratories and health centers which receive the population. During a given week, we solicited all the people who attended. It is therefore possible that we have a population that has fairly easy access to healthcare. It is therefore not impossible that the actual seroprevalence may be somewhat underestimated. We also had more women and fewer children than in the population, which is fairly standard in epidemiological studies, but we can take this kind of bias into account. In September, we will try to include more participants, which will reduce selection bias. What is interesting is that the children seem very touched. We have about 50 in the sample with a seroprevalence of almost 20%. This is much more than previously thought and shown in other studies.

On average, 35% of the household is infected by the first confirmed case in the household. How does it evolve according to the socio-economic environment?

It goes up to 100% in some families of 10, 12 people. This is also what makes the average percentage high in French Guiana. In Paris, families of 12 people are much less common. In some neighborhoods, we have families of 10, 12 people where everyone is positive. Even when trying to apply barrier measures, when five or six people sleep in the same room, it is difficult to limit the spread.
 

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