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23/10/20
Les eaux usées, un indice de l'évolution de la propagation du Covid-19 ?

Le Dr Marine Combe, de l’Institut de recherche pour le développement (IRD), ambitionne de suivre l’évolution de l’épidémie et d’anticiper une future vague épidémique en suivant l’évolution de la charge virale présente dans les eaux usées. Les prélèvements ont débuté ce mois-ci dans huit communes du territoire.

Et si les traces du prochain cluster de Covid-19 se trouvaient… dans les égouts de Guyane. Le Dr Marine Combe, virologue et microbiologiste à l’Institut de recherche pour le développement (IRD) à Cayenne, travaille sur le projet Epi-Cov. Jeudi dernier, elle a présenté ses travaux lors d’une matinée de conférence consacrée à la recherche sur le Covid-19 en Guyane. Des travaux suivis notamment par l’Agence régionale de santé et Santé publique France.

« Les eaux usées sont un reflet de ce qui se passe dans la population, rappelle la chercheuse. Les personnes infectées par le virus vont excréter le virus dans les selles. Le virus va se retrouver dans les eaux usées. » La technique a déjà été utilisée dans plusieurs pays. En Espagne, « les premières traces sont détectées entre deux et trois semaines avant la détection des cas dans la population. Cette méthode permet d’anticiper l’arrivée des cas. »

"Chaque mois à compter de ce mois d’octobre, les équipes de l’IRD vont renouveler les prélèvements dans environ 25 postes de refoulement du réseau d’eaux usées du territoire. Ils seront analysés par PCR, comme les prélèvements nasopharyngés. Cela permettra d’avoir des indices de l’activité virale à l’échelle d’un quartier, y compris si les personnes infectées sont asymptomatiques. Les chercheurs de l’IRD sont en mesure de détecter la présence du virus à partir de 1 000 particules par litre, un niveau suffisant pour identifier une activité virale puisqu’en « période épidémique, ce sont des millions de particules par litre qui sont trouvés."

"Ces prélèvements sont en cours à Cayenne, Rémire-Montjoly, Matoury, Montsinéry-Tonnégrande, Macouria, Kourou, Sinnamary et Apatou. Des discussions sont en cours pour mener les mêmes investigations à Saint-Laurent du Maroni et Saint-Georges. « Ce ne sera pas possible, en revanche, dans une commune comme Camopi où les eaux usées partent dans des fosses individuelles. Nous n’aurions alors les résultats que pour une maison, signale le Dr Combe. En revanche, un prélèvement a également été effectué, ces derniers jours, dans le canal Laussat, à Cayenne, dans lequel arrivent plusieurs buses du Village chinois. Si de l’ARN viral y est retrouvé (il se dégrade rapidement à la lumière et à la chaleur), la technique pourra être étendue à d’autres quartiers non raccordés au réseau d’assainissement."

Après ces premiers prélèvements, des traces du virus ont été retrouvées dans quatre postes sur dix. Un niveau qui correspond à la circulation mesurée du virus actuellement en Guyane. « Pour nous, c’est un point 0. En suivant les mêmes sites toutes les trois à quatre semaines, nous verrons ce qui se passe, si on en détecte plus, moins, si la charge virale augmente, est stable ou diminue. » Et donc de pouvoir anticiper l’arrivée de malades chez les médecins, dans les centres de santé ou les hôpitaux, ainsi que l’apparition de nouveaux clusters.

Une technique déjà utilisée en Guyane pour la leptospirose et l’ulcère du Buruli

Repérer les traces d’une activité virale dans les eaux usées n’est pas une première en Guyane. Entre novembre 2015 et octobre 2017, des équipes de l’IRD, du centre hospitalier de Cayenne et du centre d’investigations cliniques Antilles-Guyane ont effectué ce travail pour la leptospirose et l’ulcère de Buruli. Elles ont publié leurs résultats l’an dernier dans Plos Neglected Tropical Diseases. Les prélèvements effectués dans près de 70 points d’eau ont permis de constater une plus forte présence Mycobacterium ulcerans, responsable de l’ulcère de Buruli, en milieu rural et en saison sèche, et de Leptospira sp. en milieu urbain et en saison des pluies. L’urbanisation favorise le développement des deux pathogènes. Tous ces résultats coïncident avec les lieux et les périodes de l’année où des cas sont repérés chez des patients.

Dr Marine Combe, from the Research Institute for Development (IRD), aims to follow the evolution of the epidemic and anticipate a future epidemic wave by following the evolution of the viral load present in the wastewater . The samples began this month in eight municipalities in the territory.

What if traces of the next Covid-19 cluster were to be found ... in the sewers of French Guiana. Dr Marine Combe, virologist and microbiologist at the Institute for Development Research (IRD) in Cayenne, is working on the Epi-Cov project. Last Thursday, she presented her work during a morning conference devoted to research on Covid-19 in French Guiana. Work monitored in particular by the Regional Agency for Health and Public Health France.

“Wastewater is a reflection of what is happening in the population,” recalls the researcher. People infected with the virus will excrete the virus in the stool. The virus will end up in wastewater. The technique has already been used in several countries. In Spain, “the first traces are detected between two and three weeks before the detection of cases in the population. This method makes it possible to anticipate the arrival of cases. "

"Every month from this month of October, the IRD teams will renew the samples in about 25 delivery stations of the territory's wastewater network. They will be analyzed by PCR, like the nasopharyngeal samples. to have clues of viral activity on a neighborhood scale, including whether infected people are asymptomatic IRD researchers are able to detect the presence of the virus from 1,000 particles per liter, a level sufficient to identify viral activity since in "epidemic period, millions of particles per liter are found."

"These samples are underway in Cayenne, Rémire-Montjoly, Matoury, Montsinéry-Tonnégrande, Macouria, Kourou, Sinnamary and Apatou. Discussions are underway to carry out the same investigations in Saint-Laurent du Maroni and Saint-Georges. This will not be possible, on the other hand, in a town like Camopi where the wastewater goes into individual pits. We would then only have the results for one house, "says Dr Combe. On the other hand, a sample was also taken. , in recent days, in the Laussat canal, in Cayenne, where several buzzards from the Chinese Village arrive. If viral RNA is found there (it degrades rapidly in light and heat), the technique can be extended in other districts not connected to the sewerage network."

After these first samples, traces of the virus were found in four out of ten stations. A level which corresponds to the measured circulation of the virus currently in French Guiana. “For us that's a 0 point. By following the same sites every three to four weeks, we'll see what happens, whether more is detected, less, whether the viral load is increasing, stable or decreasing. "And therefore to be able to anticipate the arrival of patients to doctors, health centers or hospitals, as well as the appearance of new clusters.

A technique already used in French Guiana for leptospirosis and Buruli ulcer

Spotting traces of viral activity in wastewater is not a first in French Guiana. Between November 2015 and October 2017, teams from the IRD, the Cayenne Hospital Center and the Antilles-French Guiana Clinical Investigation Center carried out this work for leptospirosis and Buruli ulcer. They published their results last year in Plos Neglected Tropical Diseases. Samples taken from nearly 70 water points revealed a greater presence of Mycobacterium ulcerans, responsible for Buruli ulcer, in rural areas and in the dry season, and of Leptospira sp. in urban areas and in the rainy season. Urbanization favors the development of both pathogens. All of these findings coincide with the places and times of the year when cases are found in patients.