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Infos citoyennes

01/02/21
Les capacités d’analyses des laboratoires en forte hausse

Les laboratoires Biosoleil et Eurofins ont reçu de nouvelles machines en janvier, leur permettant de quasiment doubler leurs capacités d’analyse des PCR. Désormais, avec également les hôpitaux de Cayenne et Saint-Laurent du Maroni, le laboratoire Carage à Kourou et l’Institut Pasteur de Guyane, ce sont plus de 2 500 tests qui peuvent être effectués chaque jour pour identifier les cas de Covid-19.

1 452 tests analysés le 28 janvier ! 1 518 le 21 janvier. 1 415 la veille, 1 442 le 18 et 1 736 le 15. Le dépistage du Covid-19 atteint des niveaux inégalés, en ce début d’année. Ces résultats, signes de la forte circulation du virus au sortir des vacances de Noël, sont le résultat des derniers investissements des laboratoires de biologie médicale.

Eurofins, à Rémire-Montjoly, a reçu un nouveau kit extracteur-thermocycleur. « Il peut analyser 200 tests toutes les deux heures et demie. Il n’y a plus vraiment de limite au dépistage. » En pratique, le laboratoire peut en réaliser entre 500 et 700 par jour.

Ces capacités bienvenues, alors que son nouveau drive au marché de Rémire-Montjoly – en plus du drive situé au laboratoire et de celui de Saint-Laurent du Maroni – reçoit une centaine de personnes, quatre jour par semaine. « Dès le premier jour, 57 personnes se sont présentées, se souvient le gérant Didier Musso. On transfère une partie des personnes qui se présentent au laboratoire, car c’est plus rapide et il y a moins d’attente. »

A Cayenne, Biosoleil a acquis un second thermocycleur ce mois-ci. « En théorie, on peut réaliser cinq run de 100 prélèvements toutes les deux heures et demie, soit 500 diagnostics de plus », explique son gérant Marc Ledy.

Aujourd’hui, si l’on ajoute à ces deux laboratoires les capacités de Carage à Kourou, de l’Institut Pasteur à Cayenne, et des hôpitaux de Cayenne et Saint-Laurent du Maroni, c’est plus de 2 500 tests qui peuvent être analysés chaque jour de semaine, 2 000 le samedi et 500 le dimanche grâce aux deux centres hospitaliers. Des capacités bienvenues alors que cette deuxième vague a fait augmenter le besoin et la demande de tests.

- La surveillance des variants se poursuit

Aujourd’hui, 47 nouveaux prélèvements PCR positifs au Covid-19 seront envoyés à l’Institut Pasteur de Paris pour un séquençage ADN complet. Cette technique permet de décrire précisément le virus en cause. Dix prélèvements positifs avaient été expédiés le 13 janvier, tous négatifs aux différents variants recherchés ; puis 37 lundi dernier, dont les résultats sont en attente.

Les critères de sélection des prélèvements à envoyer au séquençage ont été définis au préalable (lien vers lettre pro du 27 janvier). Par ailleurs, seuls les prélèvements ayant une virémie élevée (Ct inférieur à 28, soit le nombre de cycles d’amplification nécessaire pour détecter la présence du virus) peuvent être séquencés. L’Institut Pasteur de Guyane a, pour sa part, commandé des réactifs qui lui permettront de séquencer directement en Guyane une petite quantité de prélèvements.

Du côté des laboratoires privés, Biosoleil réfléchit à l’acquisition d’un automate capable de séquencer. « Avec cette machine, nous pourrions dépister des pathogènes pour lesquels nous avons un doute, explique son gérant Marc Ledy. C’est dommage que l’on n’ait pas une telle machine en Guyane. C’est le top de ce qui existe en biologie médicale. Mais un tel automate coûte quatre à cinq fois plus cher que nos machines actuelles. »

Du côté d’Eurofins, les choses semblent plus avancées. Le laboratoire s’appuie sur un groupe support, Biomnis, situé à Ivry (Val-de-Marne). Celui-ci est en mesure de « cribler » les prélèvements, c’est-à-dire de détecter certains variants définis à l’avance. En cas de résultat positif, le prélèvement est alors envoyé au séquençage pour identification précise du variant.

Didier Musso, gérant d’Eurofins en Guyane, teste la filière en envoyant des prélèvements positifs chez Biomnis. « Si tout marche bien, on peut espérer avoir le résultat du criblage en 48 à 72 heures. » Dans un second temps, il envisage d’acquérir un kit pour réaliser ce travail directement en Guyane avec l’une de ses machines.


Biosoleil and Eurofins laboratories received new machines in January, allowing them to almost double their PCR analysis capacities. Now, also with the Cayenne and Saint-Laurent du Maroni hospitals, the Carage laboratory in Kourou and the Institut Pasteur in French Guiana, more than 2,500 tests can be carried out every day to identify cases of Covid-19 .

1,452 tests analyzed on January 28! 1,518 on January 21. 1,415 the day before, 1,442 on the 18th and 1,736 on the 15th. Covid-19 screening has reached unprecedented levels at the start of the year. These results, signs of the strong circulation of the virus at the end of the Christmas holidays, are the result of the latest investments by medical biology laboratories.

Eurofins, in Rémire-Montjoly, received a new extractor-thermal cycler kit. “He can analyze 200 tests every two and a half hours. There is really no limit to screening anymore. In practice, the laboratory can perform between 500 and 700 per day.

These capacities are welcome, while its new drive to the Rémire-Montjoly market - in addition to the drive located at the laboratory and that of Saint-Laurent du Maroni - receives around a hundred people, four days a week. “From the first day, 57 people showed up, remembers the manager Didier Musso. Some of the people who come to the laboratory are transferred because it is faster and there is less waiting. "

In Cayenne, Biosoleil acquired a second thermal cycler this month. “In theory, we can perform five runs of 100 samples every two and a half hours, or 500 more diagnoses,” explains its manager Marc Ledy.

Today, if we add to these two laboratories the capacities of Carage in Kourou, the Institut Pasteur in Cayenne, and the hospitals of Cayenne and Saint-Laurent du Maroni, more than 2,500 tests can be be analyzed every weekday, 2,000 on Saturday and 500 on Sunday thanks to the two hospitals. Capabilities welcome as this second wave has increased the need and demand for testing.

- Variant monitoring continues

Today, 47 new PCR positive samples for Covid-19 will be sent to the Institut Pasteur in Paris for full DNA sequencing. This technique makes it possible to precisely describe the virus in question. Ten positive samples had been sent on January 13, all negative for the various variants sought; then 37 last Monday, the results of which are pending.

The selection criteria for the samples to be sent for sequencing have been defined in advance (link to professional letter of January 27). Moreover, only samples with a high viremia (Ct less than 28, ie the number of amplification cycles necessary to detect the presence of the virus) can be sequenced. The Institut Pasteur in French Guiana, for its part, ordered reagents that will allow it to sequence a small quantity of samples directly in French Guiana.

As for private laboratories, Biosoleil is considering the acquisition of an automaton capable of sequencing. “With this machine, we could detect pathogens for which we have doubts, explains its manager Marc Ledy. It’s too bad we don’t have such a machine in French Guiana. This is the very best in medical biology. But such a machine costs four to five times more expensive than our current machines. "

On the Eurofins side, things seem more advanced. The laboratory relies on a support group, Biomnis, located in Ivry (Val-de-Marne). This is able to "screen" the samples, that is to say to detect certain variants defined in advance. In the event of a positive result, the sample is then sent for sequencing for precise identification of the variant.

Didier Musso, manager of Eurofins in French Guiana, tests the sector by sending positive samples to Biomnis. “If all goes well, we can expect to have the result of the screening in 48 to 72 hours." As a second step, he plans to acquire a kit to do this work directly in French Guiana with one of his machines.
 

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